Para desactivar la conexión Bluetooth por defecto, he seguido estos pasos.

Abro el terminal (Aplicaciones > Accesorios > Terminal) y escribo:

sudo gedit /etc/rc.local

Esta linea indica que voy a abrir el archivo /etc/rc.local con el editor de textos gedit. Es un archivo de configuración, así que escribo sudo al comienzo para ejecutar el comando usuario administrador (root). A continuación me solicitará la contraseña.

Se abrirá el editor de texto con el archivo que vamos a modificar. Ahora, antes del texto exit 0 hay que añadir esta línea:

rfkill block bluetooth

Guardamos los cambios y al reiniciar el sistema Bluetooth debería estar apagado por defecto. Continuarás viendo el icono de Bluetooth, que te servirá para encender esta conexión cuando la necesites.

Tomado de:

http://120linux.com/apagar-bluetooth-por-defecto/